на оф сайте наисанно что клиенская часть не совместима с предыдущими версиями комфорта, поэтому мне кажется что и с серверной тоже.
"Новая версия по умолчанию работает на другом порту (9750-м), соответственно возможна параллельная работа и старой, и новой версии сервера. При этом в старой можно путём настройки заблокировать основную функциональность и опубликовать инструкции по обновлению клиента."
это в FAQ написан ответ на вопрос "Каким способом оптимально перевести сеть со старой версии 4.хх на новую несовместимую версию 5.хх?"
http://www.commfort.com/ru/faq.shtml (Внешка)